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“Il coronavirus è arrivato all’uomo tra il 20 e il 25 novembre”: la scoperta italiana

L’Università Campus Bio-medico di Roma ha ricostruito la mutazione genetica che ha trasformato il coronavirus degli animali in un virus umano.

Ricostruita la mutazione genetica che ha trasformato il coronavirus degli animali in un virus umano, adattato cioè all’organismo degli esseri umani e capace di colpirlo. Il risultato, accessibile online e in via di pubblicazione sul Journal of Clinical Virology, è italiano e si deve al gruppo di statistica medica ed Epidemiologia molecolare dell’Università Campus Bio-medico di Roma diretto da Massimo Ciccozzi; il primo autore è lo studente Domenico Benvenuto.

Studiando le sequenze genetiche del virus in circolazione in Cina i ricercatori ne hanno ricostruito le mutazioni fino a scoprire quella che è stata decisiva per il cosiddetto salto di specie, ossia il cambiamento che ha permesso a un virus tipico degli animali, in particolare dei pipistrelli, di diventare capace di aggredire l’uomo. “E’ stato un cambiamento decisivo, una mutazione molto particolare avvenuta fra il 20 e il 25 novembre”, ha detto Ciccozzi all’ANSA.

Come tutti i virus, anche il coronavirus SarsCoV2 “muta in continuazione e cerca di cambiare aspetto per essere in equilibrio con il sistema immunitario ospite”, ha proseguito l’esperto. Dopo quella di due proteine strutturali, la terza mutazione del coronavirus è stata quella decisiva: a trasformarsi è stata la proteine di superficie chiamata ‘spike’ (punta, spina), che il virus utilizza per aggredire le cellule e invaderle per moltiplicarsi.

“E’ stata la mutazione della proteina spike che ha permesso al virus di fare il salto di specie. E’ una proteina abbastanza conservata nella storia evolutiva del virus – ha detto ancora Ciccozzi – e questa mutazione le ha permesso di fare il passaggio dall’animale all’uomo, innescando l’epidemia umana”.

Articolo originale: https://www.huffingtonpost.it/entry/il-coronavirus-e-arrivato-alluomo-tra-il-20-e-il-25-novembre-la-scoperta-italiana_it_5e5bcd28c5b6010221128b1d?ncid=other_trending_qeesnbnu0l8&utm_campaign=trending

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Cosa vuol dire isolare un virus

E perché è importante il risultato ottenuto dall’Istituto Nazionale Malattie Infettive “Lazzaro Spallanzani”, anche se non è arrivato per primo.

Domenica 2 febbraio, l’Istituto Nazionale Malattie Infettive “Lazzaro Spallanzani” ha annunciato di avere isolato il nuovo coronavirus (2019-nCoV), che ha causato oltre 360 morti in Cina e 17mila casi di contagio. Agenzie di stampa e media italiani hanno ampiamente ripreso la notizia, parlando dell’Italia come del “primo paese” ad avere isolato il virus. In realtà lo stesso risultato era stato ottenuto nelle settimane scorse da diversi altri centri di ricerca, a cominciare da quelli cinesi. Esserci arrivati prima o dopo non toglie comunque nulla all’importanza del risultato ottenuto dallo Spallanzani, che aiuterà i ricercatori a comprendere meglio le caratteristiche del coronavirus e a testare farmaci e vaccini per contrastarlo.

Che cos’è un virus?
Per farsi un’idea di cosa significhi isolare e sequenziare un virus, conviene fare un breve ripasso di biologia. I virus sono entità biologiche piuttosto semplici e si comportano come i parassiti: hanno cioè bisogno di un altro organismo per moltiplicarsi e prosperare. Le modalità di sviluppo e di trasmissione dei virus variano molto a seconda delle specie, ma in linea di massima seguono questo schema: si intrufolano nelle cellule, ingannando le difese delle loro membrane, e successivamente iniettano il loro codice genetico per modificare il comportamento della cellula e sfruttarla per replicarsi.

La presenza del virus innesca una risposta immunitaria da parte dell’organismo infettato (negli animali), che di solito consente di eliminarlo. Il sistema immunitario serba poi memoria dell’incontro, in modo da impedire al virus di fare nuovamente danni; i vaccini consentono di acquisire questa memoria senza che ci si debba ammalare. Alcuni virus sono però più pericolosi di altri e riescono a causare infezioni croniche, come avviene per esempio con l’HIV.

Cosa vuol dire isolare un virus?
Lo scopo dell’isolamento è ottenere la possibilità di produrre grandi quantità dello stesso virus, in modo da poterlo poi studiare o sfruttare per verificare il modo in cui reagisce con alcuni farmaci.

Un virus viene “isolato” quando è separato dall’organismo infetto iniziale. Semplificando: si prelevano campioni (sangue, tessuto cellulare, urina o altro) dall’individuo interessato e li si trasferiscono in laboratorio, avendo cura che questi non subiscano contaminazioni. Una prima attività riguarda la “pulizia” del campione, un trattamento essenziale per escludere funghi e batteri, che interferirebbero con l’attività virale.

Come abbiamo visto, i virus hanno bisogno delle cellule per moltiplicarsi, a differenza per esempio dei batteri che producono e sviluppano colonie autonomamente. I ricercatori devono quindi trovare il modo di “coltivare” il virus, cioè di indurlo a replicarsi. Possono farlo con tecniche in vivo o in vitro: nella prima si utilizza un intero organismo vivente (come un animale o una pianta), mentre nella seconda tutto avviene su piastre e provette di vetro.

In vitro
Diversi tipi di cellule possono essere impiegati per far crescere e moltiplicare i virus, da un campione di partenza. Si parte di solito da cellule prelevate da un animale, che vengono preparate in una coltura che viene poi messa in contatto con il campione virale. Questa tecnica avvia un fenomeno (adsorbimento) attraverso il quale il virus può intrufolarsi nelle cellule o inserire il suo codice genetico, infettarle e indurle a produrre un gran numero di sue nuove copie.

In vivo
Di solito per la tecnica in vivo si utilizzano embrioni in fase di sviluppo, per esempio nel caso del vaccino influenzale si procede utilizzando le uova fecondate (lo avevamo raccontato estesamente qui). L’embrione o l’intero animale fanno da incubatore per la replicazione virale, utile poi per studiare il virus e le sue caratteristiche.

Studio del virus
Dalle colture in vitro o in vivo si possono ottenere campioni, per poter osservare su una scala più grande gli effetti del virus. Di solito l’osservazione inizia al microscopio per valutare i danni causati dall’infezione. Le cellule colonizzate mostrano anormalità (“effetto citopatico”) come cambiamenti nella forma, anomalie nelle loro membrane e nei nuclei.

E che cos’è il sequenziamento?
In biologia molecolare, il sequenziamento serve per avere una trascrizione dell’ordine delle basi (adenina, citosina, guanina e timina) che fanno parte del frammento di DNA che si sta analizzando (nel caso dei virus è molto spesso l’RNA, una versione semplificata). Nella sequenza sono codificati i geni, e le istruzioni per quando e come devono essere espressi (espressione genica). In generale, se ottieni la sequenza puoi capire il come e il perché della vita di un organismo. Di alcune porzioni di DNA conosciamo già le funzioni, quindi i ricercatori possono mettere a confronto la sequenza che hanno ottenuto con quelle già conosciute, in modo da ricostruire almeno in parte cosa è codificato nel DNA.

Per sequenziare un virus, si esamina un campione prelevato da un individuo infetto e se ne effettua poi l’analisi. Il problema è che in queste condizioni il materiale genetico del virus è confuso con quello della cellula che è stata colonizzata. I progressi raggiunti negli ultimi anni hanno consentito di attenuare il problema e di accelerare i processi di sequenziamento, attraverso i virus isolati.

Le prime righe del sequenziamento del nuovo coronavirus:

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Che cosa hanno fatto allo Spallanzani?
Le ricercatrici Concetta Castilletti, Francesca Colavita e Maria Rosaria Capobianchi nei giorni scorsi si sono messe al lavoro sui campioni prelevati da uno dei due pazienti cinesi, ricoverati presso lo Spallanzani dopo che avevano mostrato sintomi da infezione da nuovo coronavirus. I campioni sono stati poi utilizzati per isolare il virus e coltivarlo, seguendo le procedure di sicurezza per evitare contagi.

Dopo qualche giorno, il gruppo di ricerca ha riscontrato l’effetto citopatico, a conferma del successo nella coltivazione del virus. Non era un risultato scontato, visto che il tasso di successo è di solito intorno al 10 per cento, cosa che rende necessaria la preparazione di più colture alle giuste condizioni ambientali. In Italia è stato inoltre sequenziato il nuovo coronavirus, trovando caratteristiche genetiche analoghe a quelle già rilevate in precedenza da altri centri di ricerca.

Chi ha sequenziato per primo il nuovo coronavirus?
Le prime polmoniti sospette sono state riscontrate a Wuhan, la città cinese epicentro della crisi sanitaria, alla fine del 2019, inducendo diversi centri di ricerca in Cina a effettuare controlli di laboratorio sui pazienti interessati. Il 10 gennaio, a poco più di un mese dal primo caso di polmonite, i ricercatori cinesi hanno annunciato di avere sequenziato il nuovo coronavirus, e hanno reso pubblici i risultati della loro analisi. La rapidità è stata notevole, se si considera che con il coronavirus che causa la SARS i tempi furono molto più lunghi, a testimonianza dei progressi raggiunti negli ultimi anni.

Nelle settimane successive, centri di ricerca in Cina e in altre parti del mondo hanno sequenziato campioni di coronavirus prelevati da altri pazienti, ottenendo informazioni genetiche su una ventina di casi. Il 31 gennaio scorso, l’Istituto Pasteur della Francia ha annunciato di avere isolato il nuovo coronavirus, da campioni prelevati da un paziente cinese infetto ricoverato in un ospedale francese.

OK, ma quindi la storia di essere arrivati primi?
Domenica 2 febbraio, il ministro della Salute Roberto Speranza ha annunciato con grande enfasi, nel corso di una conferenza stampa, l’isolamento del nuovo coronavirus da parte dello Spallanzani, ma non ha detto che l’Italia avesse raggiunto per prima questo risultato. Il gruppo di ricerca ha poi esposto i risultati delle attività svolte presso l’istituto, senza intestarsi alcun primato.

Nel comunicato stampa diffuso dall’Istituto si parlava invece di “primi in Europa”: l’ufficio stampa ha spiegato al Post che il testo era stato scritto nella serata di venerdì 31 gennaio, senza essere al corrente dell’annuncio dell’Istituto Pasteur.

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La situazione del coronavirus in Italia

Ci sono 650 casi di contagio confermati, 17 morti e 45 guariti, secondo gli ultimi dati diffusi dalla Protezione Civile.

Secondo gli ultimi dati ufficiali di giovedì 27 febbraio, in Italia sono stati accertati finora 650 casi di contagio da coronavirus (SARS-CoV-2): sono 403 in Lombardia, 111 in Veneto, 97 in Emilia-Romagna, 19 in Liguria, 4 in Sicilia, 3 nelle Marche, 3 nel Lazio e 3 in Campania, 2 in Piemonte, 2 in Toscana, 1 in Abruzzo, 1 in Puglia e 1 nella Provincia autonoma di Bolzano. Di questi, 248 sono ricoverati con sintomi e 56 sono in terapia intensiva, mentre 284 si trovano in isolamento domiciliare. Le persone guarite sono 45, di cui 40 in Lombardia, mentre le morti legate al coronavirus sono 17.

Al momento sono stati individuati due focolai del virus: uno nel lodigiano, dove si trova anche Codogno, la città in cui è stato confermato il primo caso in Italia, e uno a Vo’, in provincia di Padova. Ci sono anche molti altri casi di contagio in Italia che sembrano essere legati a questi due focolai. Lo stesso vale per molti casi di contagio in Europa degli ultimi giorni: ne sono stati confermati in Spagna, Svizzera, Lituania, Austria, Croazia, Francia, Germania, Danimarca, Paesi Bassi e sembrano tutti avere a che fare con l’Italia. Lo stesso vale per alcuni casi recenti in Brasile e in Nigeria.

Durante la conferenza stampa di mercoledì pomeriggio, il capo della Protezione Civile Angelo Borrelli aveva spiegato che i dati sui contagi sono forniti in base alle comunicazioni delle regioni e del ministero della Sanità, e che c’è un altro numero di contagi che invece viene invece fornito dall’Istituto Superiore di Sanità (ISS) dopo aver effettuato le controprove sui campioni inviati dalle regioni, e quindi con tempi più lunghi: in questo caso i contagi confermati dall’ISS a oggi sono 282.

Tutti i test che vengono fatti a livello locale, e poi ripetuti per una seconda conferma, devono infatti essere trasmessi all’Istituto Superiore di Sanità per un terzo controllo, il più preciso: solo a quel punto un test positivo può essere contato come un vero caso di contagio. Sono passaggi di controllo importanti perché i primi test non sono sempre completamente affidabili e a volte essere imprecisi e dare risultati errati.

Giovedì, durante una conferenza stampa con la stampa estera, il direttore scientifico dell’Istituto Spallanzani di Roma Giuseppe Ippolito ha detto che si sta lavorando per cambiare il modo in cui vengono comunicati i dati sui contagi del coronavirus in Italia, affinché vengano comunicati solo quelli clinicamente rilevanti, «ovvero i casi clinici di pazienti in rianimazione o morti, come avviene negli altri paesi del mondo». I positivi ai tamponi fatti per qualsiasi altro motivo andranno invece in una lista separata, ha detto Ippolito.

Mercoledì sera si è molto parlato della situazione a Milano, dopo la decisione della regione Lombardia di rivedere l’ordinanza con cui dopo i primi casi di coronavirus era stato deciso di chiudere bar e locali pubblici dalle 18 alle 6 del mattino, come misura precauzionale.

Pur non modificando l’ordinanza originale, la regione ha spiegato che a certe condizioni – per esempio quella di effettuare servizio al tavolo e non al banco – i bar sarebbero potuti tornare ai loro consueti orari di servizio. Sempre mercoledì si è parlato del contagio di una stretta collaboratrice del presidente della Regione Lombardia Attilio Fontana, e lo stesso Fontana e diversi altri dipendenti della Regione si sono sottoposti ai test (almeno nel caso di Fontana risultati per ora negativi).

Giovedì, inoltre, è stata annunciata la riapertura al pubblico del Duomo di Milano, che aveva chiuso ai turisti domenica scorsa. Il Duomo riaprirà da lunedì 2 marzo, ma gli ingressi saranno contingentati e i biglietti si potranno acquistare solo online.

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La differenza tra epidemia e pandemia

E perché per ora l’Organizzazione Mondiale della Sanità non parla di pandemia per il coronavirus.

Ieri il direttore dell’Organizzazione Mondiale della Sanità (OMS), Tedros Adhanom Ghebreyesus, durante il punto sui contagi da coronavirus (SARS-CoV-2) ha detto che al momento non si può ancora parlare di “pandemia”, ma solo di “epidemia”. Qual è la differenza?

Le parole “epidemia” e “pandemia” riguardano le malattie infettive, quelle causate da agenti che entrano in contatto con un individuo (come i virus, appunto), si riproducono e ne causano un’alterazione. La differenza tra epidemia e pandemia non ha a che fare con la gravità di una malattia, ma con la sua diffusione geografica. Le malattie infettive, spiega l’Istituto Superiore della Sanità, hanno caratteristiche diverse di diffusione. Alcune sono molto contagiose e altre lo sono meno. In base alla suscettibilità della popolazione e alla circolazione dell’agente infettivo, una malattia infettiva può manifestarsi in una popolazione in forma sporadica, epidemica, endemica o pandemica (“Pan-demos”, in greco, significa “tutto il popolo”).

Il caso sporadico è quello che si manifesta in una popolazione in cui una certa malattia non è sempre presente. Una malattia è invece definita endemica quando l’agente responsabile è stabilmente presente e circola nella popolazione, manifestandosi con un numero di casi più o meno elevato, ma distribuito uniformemente nel tempo.

L’epidemia è la manifestazione collettiva di una malattia, e si verifica quando il numero dei casi aumenta rapidamente in breve tempo e interessa in una particolare area un numero di persone più alto rispetto alla media, per una certa comunità. Gli elementi che portano a un contagio inaspettato e quindi al superamento della soglia di trasmissione possono essere diversi. L’agente infettivo diventa più resistente; varia, cioè si riduce, l’immunità verso quell’agente; oppure l’agente non era prima presente all’interno di una popolazione che dunque si trova ad affrontarlo per la prima volta.

L’OMS parla invece di pandemia quando un nuovo agente patogeno per il quale le persone non hanno immunità si diffonde rapidamente e con facilità in una zona molto più vasta e diffusa rispetto a quella solitamente interessata da un’epidemia. L’OMS identifica sei fasi che portano alla pandemia: una di queste prevede un’area con una presenza di infezioni paragonabile a quella del paese in cui sono iniziati i contagi. I dati che provengono finora da altre parti del mondo, al di fuori della Cina, indicano un numero ancora relativamente basso di nuovi casi e inducono quindi a qualche prudenza nel parlare di pandemia. Tra le pandemie più conosciute nella storia ci fu la cosiddetta “spagnola” che si diffuse tra il 1918 e il 1919, e l’asiatica del 1957.

Mary-Louise McLaws, esperta nel controllo delle infezioni che ha lavorato come consulente dell’OMS, ha spiegato al Guardian che dichiarare una pandemia non è sempre un procedimento automatico e chiaro, perché i parametri utilizzati possono variare. Non esiste una soglia ben definita, come per esempio un numero preciso di decessi o di contagi, né esiste un numero preciso di paesi colpiti che deve essere raggiunto: spetta alla discrezionalità dei responsabili dell’OMS. Il virus della SARS, identificato nel 2003, non venne dichiarato pandemico dall’OMS nonostante avesse interessato 26 paesi, anche perché la sua diffusione fu contenuta rapidamente e poche nazioni ne furono significativamente colpite.

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L’OSS E IL PAZIENTE RADIOATTIVO

La presenza di operatori socio sanitari (oss/osss) all’interno di una unita’ operativa complessa di medicina nucleare o in divisioni diverse dove siano presenti pazienti che sono stati sottoposti ad indagini con somministrazione di radioisotopi (pet-scintigrafie -datscan ecc …) Impone ai responsabili di tali servizi e/o divisioni, la necessita’ di fornire elementi e informazioni utili affinche’ l’operatore non venga esposto alle radiazioni emesse dal paziente o dai suoi escreti.

Nel corso di tali indagini infatti, non e’la macchina ad emettere radiazioni, ma lo stesso paziente/utente che proprio per la peculiarita’ del lavoro svolto dall’oss, se non e’in grado di svolgere le sue normali attivita’ di vita (lavarsi, mobilizzarsi, nutrirsi ecc …), necessita di tutto il sostegno ed aiuto dell’operatore che si sostituisce a lui nel quotidiano impegno lavorativo.

E’dunque necessario attuare precauzioni che tutelino l’operatore che si trova a dover gestire tali attivita’.

A tal proposito occorre distinguere l’oss che opera in una u.o.c.di medicina nucleare, da quello che opera in divisioni diverse dove il paziente si trova in regime di ricovero, soprattutto quello alllettato.

Infatti, mentre il primo e’provvisto di dosimetro e sottoposto ai controlli medici previsti dalla normativa, il secondo spesso non sa neppure le regole di base per gestire il paziente radioattivo.

Di seguito sara’riportato uno schema utile a tale scopo cosicche’ si possa avere un quadro piu’ chiaro di come debba procedere nell’espletamento delle proprie attivita’ tale figura.

 

 

OSS/OSSS DI MEDICINA NUCLEARE OSS/OSSS DIVISIONE
Limitare il tempo di esposizione Idem
Aumentare la distanza dal paziente e/o dai suoi escreati Idem
Le urine e/o gli escreati convogliano direttamente dai bagni (zona calda) direttamente in vasche di raccolta Le urine e gli escreati vanno raccolti in contenitori tenuti lontano dagli altri, da chiudere e smaltire dopo 24 h
Indossare DPI di protezione adeguati al tipo di radiazioni Gestire il paziente avendo cura di indossare i DPI così da evitare che possa essere contaminata la divisa abituale
In caso di contaminazione, lavare attentamente e a lungo le mani con acqua e sapone Idem
Accanto al letto del paziente porre un contenitore per rifiuti speciali da utilizzare per smaltire eventuali fazzoletti, stoviglie monouso, medicazioni, sacche delle urine, deflussori, materiali che sono stati a contatto con il paziente
E’ buona regola utilizzare padelle e/o storte contrassegnandole (es. bollino rosso adesivo) che verranno poste lontano dalle altre in uso
Eventuali medicazioni vanno rimosse manipolando il materiale con pinze a manico
Il trasporto del paziente dalla U.O.C. di Medicina Nucleare al reparto di provenienza, va eseguito dall’operatore che avrà cura di mantenere la distanza di un metro specie in ascensore
I parenti del paziente vanno informati sul comportamento da tenere durante l’orario delle visite.

Va vietato l’ingresso alle donne in stato di gravidanza e ai bambini
Sarebbe auspicabile porre il paziente in camera singola o comunque ad una distanza da altro paziente di almeno due metri

 

 

Le precauzioni descritte non devono indurre a facili allarmismi poiché conoscere le corrette procedure si trasforma in comportamenti corretti e rischi nulli sia per l’operatore che per il paziente/utente.

Alla base di ogni gesto deve esserci, sempre, il riconoscere la dignità di chi ci viene affidato affinchè non si senta un pericolo per gli altri e per se stesso.

 

Articolo scritto dalla Dott.ssa Sardella